Vielen Leuten ist der Flachsee bei Unterlunkhofen ein Begriff: An warmen Wochenendtagen ist er ein Anziehungspunkt für zahlreiche Erholungssuchende aus der näheren und ferneren Umgebung; unter Vogelfreunden und -freundinnen ist er für seine Vogelvielfalt und für Spezialitäten der Vogelwelt bekannt.
Der Flachsee erstreckt sich von der Reussbrücke Rottenschwil-Unterlunkhofen auf rund 1,4 km Länge bis zum Weiler Geisshof. Der See ist ein verbreiteter Abschnitt des Staubereichs des Wasserkraftwerkes Bremgarten-Zufikon. Das linke Ufer wird vom Hochwasserdamm gebildet. Vom Damm aus hat man gute Sicht auf die Wasserfläche; nur wenige Gehölze säumen den schmalen Uferstreifen. Im Osten bildet der sanft ansteigende Moränenzug ein natürliches Ufer. Auf dieser Seeseite wechseln sich flache und steile Böschungen, Auenwälder und Riedwiesen, junge Gehölze und alte Einzelbäume, Röhrichtgürtel und Bachmündungen in vielfältiger Folge ab. In der Längsrichtung wird der Flachsee durch eine Kette von kiesigen und bewaldeten Inseln, toten Bäumen und einem Weidengeflecht unterteilt. Entlang dieser Linie führte früher der rechtsufrige Hochwasserdamm. Der Flachsee ist halb Fluss, halb See. Typisch für einen See ist der gleichbleibende, vom Stauwehr konstant gehaltene Wasserstand und die kaum fliessenden Bereiche in der östlichen Seehälfte. Das fliessende Wasser im westlichen Teil, dem früheren Flusslauf und die ständige Ablagerung von Feinsedimenten zu Schlickbänken hingegen sind flusstypische Eigenschaften.
Der Flachsee entstand im Rahmen des Neubaus des Kraftwerkes Bremgarten-Zufikon und der Gesamtmelioration der Reussebene im Herbst 1975 und wurde speziell als Wasservogelreservat gestaltet. Die Neuschaffung eines über 40 ha grossen Biotops für Wasservögel ist in der Schweiz bis heute einmalig. Um gefährdete flusstypische Arten wie den Flussregenpfeifer speziell zu fördern, wurden vegetationsfreie Kiesinseln geschaffen. Damit sie nicht dicht von Pflanzen überwachsen werden, müssen sie jährlich gejätet werden. Auch die Schlickflächen werden jährlich gemäht. Sonst verbuschen sie und verlieren ihre Attraktivität für Vögel.
Die Schlickflächen und Flachwasserbereiche, das langsam fliessende Wasser und naturnahe Ufer mit Röhricht, angrenzenden Riedwiesen und Auenwälder sowie die Kiesinseln machen den Flachsee zu einem Wasservogelreservat von gesamtschweizerischer Bedeutung. Seit seiner Entstehung brüteten hier 58 verschiedene Vogelarten. Darunter befinden sich auch 11 gefährdete Arten der Roten Liste wie Flussregenpfeifer, Kiebitz, Eisvogel und Drosselrohrsänger. Besondere Bedeutung erlangt der Flachsee auch als Überwinterungsgebiet von Wasservögeln und als Rastplatz für Durchzügler. Die Vielfalt der Wintergäste ist gross und reicht vom Zwergtaucher über den Kormoran bis zu seltenen Entenarten wie Spiess-, Löffel- und Schellente. Andere Arten wie Tafel- und Reiherente und das Blässhuhn überwintern gar zu Hunderten auf dem Flachsee. Die ausgedehnten Schlickflächen bieten sich Watvögeln (zum Beispiel Flussuferläufer, Bekassine und Kampfläufer) als Rastplatz auf ihrem Zug von den nördlichen Brutgebieten zu den südlichen Winterquartieren an. Unter den Zugvögeln befinden sich immer wieder besondere und seltene Arten. Seit 1973 wurden insgesamt am Flachseee 212 verschiedene Vogelarten beobachtet – eine sehr grosse Zahl im Vergleich zu den 361 Vogelarten, die in der Schweiz seit 1900 festgestellt wurden.
